Habibi Neccar Cami, şehirde yapılan ilk cami olarak bilinmektedir. Memluklulardan Baybars zamanında eski bir Roma tapınağının yerine yapılan cami, IX. yüzyılda depremden zarar görmüş XVII. Yüzyılda, Osmanlı döneminde yenilenmiş, yalnızca barok üsluptaki minaresi eski şeklini korumuştur. Bu yapının altında halkın ziyaret ettiği 3 mezar bulunmaktadır. Kur’an’da Habib-ün Neccar ile ilgili olayın geçtiği yer olması bakımından kutsal sayılmaktadır.

Tarihi kaynaklara göre Antakya’da ilk cami 638 yılında Arapların şehri ele geçirmesinden sonra yapılmıştır. Bazı kaynaklara göre de Habib Neccar Türbesini ve Camisini Ubu Ubeyde Bin Cerrah yaptırmıştır. Caminin bulunduğu yerde 1960 yılında yapılan bir kazıda alt kısımlarda farklı duvar kalıntıları ile karşılaşılmıştır. Ancak bu duvarların hangi yapılara ait olduğu kesinlik kazanamamıştır. Bugünkü Habib Neccar Camisi’nin medrese duvarlarında Arapça kitabeli metinlere rastlanmaktadır. Habib Neccar’ın ismi ilk kez İbni Batuta seyyehatnamesinde geçmiş; burada da Habib Neccar’ın mezarı, yanında zaviyesi olduğunu belirtmiştir.

Caminin köşesinde Hz.İsa tarafından gönderilen azizlerine ilk defa inanan ve onları korurken şehit olan Habib Neccar’ın türbesi vardır. Caminin arkasındaki dağa onun ismi verilmiştir.Ayrıca bu dağ üzerinde de Habib Neccar’a ait bir de ziyaret yeri vardır.

Antakya’da inanılan bir efsaneye göre: Peygamberin halifesi Hz. Ömer, Diyar-ı Rûm denilen ve o zaman Hıristiyanların elinde bulunan Anadolu’yu fethetmek, İslamlaştırmak için buraya askerlerini göndermiştir. Bunlardan bir gurup Ebu Übeyde bir Cerrah’ın kumandasında, Antakya üzerine yürümüş ve karşılaştıkları kaleleri ele geçirmişlerdir. Ebu Übeyde’nin, Habib Neccar adında bir bayraktarı vardı. Savaşın en kızgın, en çetin anlarında, Habib Neccar, bir elinde sancağı şerif, diğer elinde kılıcıyla ön saflarda kıyasıya dövüşürdü. Kumandan ne zaman : "Yetiş ya Habib" derse, canını dişine takar, düşman saflarını yararak öne geçer, askere şevk ve heyecan verirdi. Böyle bir gün, Antakya yakınlarındaki Nur dağları üzerinde savaşılıyorken Ebu Übeyde çaresiz kalmıştı. Savaşın kızgın bir anında, yine: "Yetiş ya Habib!" diye bağırınca, Habib Neccar : "yallah!" diyerek tepeyi bir anda tırmanmış, düşman saflarını yararak sancağı en yüksek zirveye dikmiştir. Bu sırada karşısındakiler bir kılıç darbesiyle başını gövdesinden ayırmışlar. Bu sırada galeyana gelen Arap ordusu tepeden indiklerinde Habib Neccar’ın başsız gövdesiyle karşılaşmışlar. Geri çekilen düşman, Habib’in başını bir sırığa saplayarak götürmüş ve ibret olsun diye Antakya kalesinin en yüksek burcuna dikmişler. Arap orduları, birkaç gün sonra, Antakya’yı da kuşatmışlar. Savaşın kızıştığı bir sırada kale burcundaki Habib’in kesik başından sesler gelmeye başlamış: "Kardeşlerim, yiğitlerim, ben buradayım. Sağdan hücum edin, sola koşun". Kesik baştan gelen sesleri işiten Araplar heyecanla ileri atılmışlar, düşman askerleri ise paniğe kapılarak geriye çekilmişler. Bu olayın ardından kale birkaç saat içinde zapt edilmiş, halk vergiye bağlanmıştır. İnanışa göre; Kumandan Ebu Übeyde, şehit Habib’inin kesik başını gömmüş, üzerine türbe, yanına da bir cami yaptırmıştır. Habib Neccar’ın vücudu da Nurdağları’ndaki bir mezara konmuştur.

Evliya Çelebi, Antakya’ya geldiğinde Habib Neccar Türbesini ziyaret etmiş, ona ait çeşitli efsaneleri seyyahatnamesinde yazmıştır. Evliya Çelebi’ye göre, Habib Neccar, İsa Peygamber zamanında yaşamış ve Ona iman etmiş İsa gibi mucizeler göstermiş, daha sonra da, puta tapanlar tarafından başı kesilerek öldürülmüştür. Evliya Çelebi’nin bir ifadesine göre de Antakya Kal’ası, İstanbul Kal’asından sonra en büyük kal’alardan biridir. Seyahatnamesinde bunu şöyle anlatır:

"Antakya Kal’ası duvarlarının ve burçlarının yüksekliği başka bir yerde görmedim. Doğu yönündeki dağlar üzerine oturan duvarları 80 arşın yüksekliğindedir. Asi nehri kıyılarındaki duvarlar ise yalınkat, 20 arşındır. Kal’anın yapıldığı taşların her biri birer fil gövdesi kadardır. Büyük usta Ferhat, taşları baltasıyla birbirine öyle yanaştırmış ki, tek bir kaya sanırsınız..."